Porque la porción de la molécula que contribuye al color en la clorofila es la responsable de absorber la energía lumínica para transferirla luego a las reacciones responsables de la síntesis de materias orgánicas en la planta, fenómeno que se conoce como fotosíntesis.

Como otras sustancias ‘coloreadas’, naturales y artificiales, la clorofila tiene muchos electrones deslocalizados que pueden sufrir tránsitos electrónicos. La porción de la molécula que contribuye al color en la clorofila es una estructura con gran deslocalización electrónica formada por cuatro anillos aromáticos unidos por enlaces covalentes y enlazada con magnesio mediante enlace coordinado. 

Vista bajo luz blanca la clorofila aparece verde porque a esa zona del espectro pertenecen las frecuencias no absorbidas que percibe el ojo humano. Como la coloración está ligada a su estructura electrónica, si ésta se modifica su color varía. Esto puede verse cuando se hierven en agua las verduras (que contienen ácidos), pues en este medio se pierde irreversiblemente el magnesio coordinado y se vuelven pardas, cosa que no sucede si antes de hervir se neutraliza el ácido presente, añadiendo al agua un poco de bicarbonato sódico.